A Vatikánon belül „bunkernek” nevezik. Nyolcvankétezer kéziratot őriz az állandó, 20 fokos hőmérséklet és 50%-os páratartalom mellett, illetve 33%-os páratartalom mellett olyan példányokat, mint a Hanna1, amely Lukács és János evangéliumainak legrégibb változatát tartalmazza.

A könyvtárban őrzik Petrarca saját kezűleg írt Daloskönyvét, a Botticelli által illusztrált Isteni színjátékot, a Biblia Urbinatét, amelyet Federico de Montefeltro rendelt meg 1476-ban, alig 20 évvel Guttenberg találmányának megszületése után. Urbino hercege azt gondolta, hogy a fekete-fehér nyomtatott könyvek csúnyák, ezért mai áron több millió eurónyi arannyal díszítette a kódexet.

Jelenleg a „bunkerből” a könyveket felviszik a felső emeleti restaurációs laboratóriumba ellenőrzésre és digitalizálásra.

A Digita Vaticana, a program végrehajtója, amely a szükséges pénzalapot is gyűjti, máris szép eredményt ért el a könyvek 10%-ának digitalizálásával. A 9 ezer digitalizált kéziratból hétezer már konzultálható az interneten. A munka ebben a ritmusban kb. 40-50 év alatt fejeződik be. A további alapok összegyűjtésére fundraising kampányt indítanak, amelynek keretében eladják a 400-ból származó Virginia Vaticana Aeneasának egy lapját 3D reprodukcióban, korlátozott példányszámban.

A Sistina szalon, amelyet V. Sixtus pápa hozott létre, a pápai nyomdával együtt, még üresen áll, de ebben az évben megnyílnak az ajtói a teremnek, amely lehetővé teszi a kódexeknek természetes fény melletti megtekintését – ígéri a könyvtár prefektusa, monsignor Cesare Pasini.

A digitalizált anyagok között vannak prekolumbián kéziratok, Tholomeus geográfiai értekezései, herbáriumok. Ennek előnye, hogy az anyagok felnagyíthatók, tehát jobban láthatók, bár az eredetinek érintése pótolhatatlan érzést nyújt – mondják a könyvtárban. A nyomtatás előtt a kódexeket állatbőrre írták, még most is érezni rajtuk az erek, a szőrtüszők domborulatait, azoknak az ujjaknak a nyomát, amelyek forgatták őket.  „A lapozásnál nem tanácsos az ujjakat megnyalni, mint ahogyan ezt megtanultuk A rózsa neve című regényből– mondja tréfásan a laboratórium vezetője, Angela Nunez Gaitán. (Eco regényében ugyanis a „tilalmas” könyvnek, Artisztotelésznek a komédiáról írt, elveszettnek hitt traktátusának lapjait méreggel kenték be, és aki így lapozta, keserves halált halt).  -Egy 14. századi jogi gyűjteményből, amelyben egy házasságtörést ábrázoló miniatúra látható, kiderül, hogy Itáliában már akkor dívott a gyűrűcsere a házastársak között.”

A laboratórium a digitalizálásnak régóta bevált formáját, a Fits-et alkalmazza, amelyet asztrofizikai, nukleáris és orvostudományi adatok megőrzésére is használnak. Egy kézirat digitalizálása átlag egy napot vesz igénybe.